生物医药：近年来县委、县政府紧紧围绕市“231”特色产业，初步构建了生物医药“1+3+1”产业发展体系。生物医药产业园于2020年开工建设，现已基本建成，并在化工产业园设立了原料药生产集聚区。

借助中关村e谷（郓城）生命科技创新中心、清科（郓城）医疗产业发展中心、菏泽生物医药港大力招引生物医药企业。目前生物医药行业代表企业有绅联生物、绅联药业等，主要产品有肝素钠、兽药等产品，新引进了药坦原料药、智汇医药科技、雪净医疗、普迈德（山东）医疗器械、德慧生物医药等生物医药项目。

高端化工：现有企业12家，其中规上企业10家，代表企业有旭阳化工、富海能源、多友科技、瑞圣化工、锐华氟业等，主要产品有焦炭、煤焦油、粗苯、己二酸、焦炉煤气、四氟化硫等20多种产品。

机电设备制造：现有企业231家，其中现有规上企业49家，主要产品为工程机械配件、专用车及汽车零配件、钢球等。工程机械配件代表企业有恒基集团、百帝气动等，主要生产推土机、挖掘机、矿山设备等大型设备配件。专用车及汽车零配件代表企业有建宇特种车辆等，主要生产集装箱运输车、自卸车和各种系列挂车等，产品远销越南、泰国、缅甸等20多个国家。钢球制造代表企业有永昌钢球等，低碳钢球产量占全国的三分之一以上，已成为全国重要的钢球生产基地。

现代包装：现有企业261家，其中规上企业22家。代表企业有烟郓包装、正华玻璃、威顿玻璃等。现代包装产业以酒瓶为龙头，形成了集设计、研发、生产、销售为一体的完整产业链条。我县获称“山东省酒类包装产业集群”和“山东省酒类包装优质产品生产基地”。获“中国酒类包装之都”称号。是我国酒类包装行业品种最全、生产规模最大、销售覆盖最广的酒类包装生产基地。

纺织服装：现有企业419家，其中规上企业165家。代表企业有一鸣纺织、华灵集团、圣隆纺织、富达纺织等。我县棉纺织产业先后被省政府命名为“首批中小企业产业集群”、被中国纺织工业协会授予“中国棉纺织名城”称号。